Este es un FOLLOW UP de la red de babuinos. Se tuvieron algunas dificultades con Ucinet pero
este tutorial genera una buena gr�fica en R.
USA EL VIEW PLAIN, EL LA ESQUINA SUPERIOR IZQUIERDA CERCA DE LA PRIMERA LINEA PARA COPIAR EL CODIGO.

#### limpio mi ambiente de trabajo
rm(list = ls())
#network Baboon1bin  Baboon grooming relations at t1 / binary
# Baboons H22A / binary
# aug 18, 1998
# binarized Baboon Grooming Network at T1
# vertices 12
lazos=c(0,1,0,1,1,0,0,0,0,0,1,1,
1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
0,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1,1,
1,0,1,0,1,1,1,0,0,1,0,1,
1,0,1,1,0,1,0,1,0,0,0,0,
0,0,1,1,1,0,0,0,0,1,0,1,
0,0,1,1,0,0,0,1,0,0,0,0,
0,0,0,0,1,0,1,0,1,1,0,0,
0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,
0,0,1,1,0,1,0,1,0,0,0,0,
1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
1,0,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0)

nombres=c("f1","m1","f2","f3","m2","f4","m3","f5","m4","f6","f7","m5")
B = matrix(lazos, nrow=12, ncol=12, byrow = TRUE) 
#### nombres 
colnames(B)<-nombres 
rownames(B)<-nombres
B
class(B)
#### USA TU PROPIA RUTA #########################################################
RutaMac= "/Users/COLSON/Google Drive/AlanFiles/Colson/COLSON 2015/Temas Selectos"
RutaMac
setwd(RutaMac)
getwd()
##### necesito el paquete 
library(foreign)

write.csv(B, file="baboons.csv")



isSymmetric(B)

####################################################################################
##### Cargo este paquete
library(igraph)
# fijo la ruta donde quiero salvar mi informacion o desde donde voy a tomar los datos
RutaMac= "/Users/COLSON/Google Drive/AlanFiles/Colson/COLSON 2015/Temas Selectos"
RutaMac
setwd(RutaMac)
##### creamos el objeto de grafica desde la matriz B
igB <- graph.adjacency(B, mode="directed")

# le doy nombre a los nodos
V(igB)$id <- nombres
# fijo el tama�o del nodo relativo a su centralidad de grado, el tama�o minimo es 10,
# despu�s se le suma el grado del nodo multiplicado por 1.5, esto es algo que debes de 
# personalizar seg�n sea el caso
V(igB)$size=10+degree(igB)*1.5
# hago un vector que indica el sexo de cada babuino
gender=c("f","m","f","f","m","f","m","f","m","f","f","m")
# el color lo fijo seg�n el sexo de cada babuino, ya usamos esta funci�n antes
V(igB)$color <- ifelse(gender == "m", "blue", "pink")
# lo mismo hago con el borde del nodo
V(igB)$frame.color=ifelse(gender == "m", "blue", "pink")
# hago que si los links unen babuinos de diferente sexo, la linea sea roja
E(igB)[ V(igB)[ color=="pink" ] %--% V(igB)[ color=="blue" ] ]$color <- "red"
# babuinos de mismo sexo la linea es negra
E(igB)[ V(igB)[ color=="pink" ] %--% V(igB)[ color=="pink" ] ]$color <- "black"

# grafico
plot(igB, layout =  layout.kamada.kawai, 
     edge.arrow.size=0.2,###tama�o de la flecha
     vertex.label.color= "white")
# a mi juicio la grafica sale bien, da zoom para que la veas completa

# grafica interactiva
tkplot(igB, layout =  layout.kamada.kawai, 
       edge.arrow.size=0.5,###tama�o de la flecha
       vertex.label.color= "white")


##### Dendograma de grupos,
##### que babuinos se relacionan con cuales
wt <- walktrap.community(igB, modularity=TRUE)
dend <- as.dendrogram(wt, use.modularity=TRUE)
plot(dend)


# te recomiendo este ejemplo si deseas saber m�s a cerca de identificaci�n de 
# grupos 
# http://sna.stanford.edu/lab.php?l=3